Die Abgabenordnung beinhaltet grundlegende Regeln über das Besteuerungsverfahren, die für alle Steuerarten Geltung beanspruchen. Dabei handelt sich um die wesentlichen verfahrensrechtlichen Normen zur Ermittlung der Besteuerungsgrundlagen, also aller Lebenssachverhalte, die für die Entstehung einer Steuer von Bedeutung sind. Die §§ 85 und 88 AO verpflichten die Behörden, von Amts wegen tätig zu werden, man spricht vom sog. Untersuchungsgrundsatz. Das sog. Legalitätsprinzip besagt, dass die Finanzämter zur Einleitung von Verfahren verpflichtet sind, d.h. die Steuerfestsetzung nicht etwa zu ihrer freien Disposition steht. Nach § 90 AO sind Steuerpflichtige zur Mitwirkung bei der Sachverhaltsermittlung verpflichtet, man spricht vom Kooperationsgrundsatz, der zwischen Steuerpflichtigem und Finanzamt gilt. Daraus resultiert etwa die Pflicht zum Führen und Vorlegen von Büchern und Aufzeichnungen und zur Abgabe von Steuererklärungen. Ist der Sachverhalt vom Finanzamt ermittelt, so wird die Steuer in der Regel durch Steuerbescheid festgesetzt, § 155 Abs. 1 AO.

In einigen Fällen, in denen das Besteuerungsverfahren aus besonderen Gründen mehrstufig erfolgt, sind die Grundlagen der Besteuerung jedoch vor Erlass eines Steuerbescheids separat festzustellen. So wird bei den Gesellschaftern einer Personengesellschaft wie beispielsweise den beteiligten Ärzten einer Gemeinschaftspraxis in Form der BGB-Gesellschaft die gesonderte Gewinnfeststellung gem. § 179 Abs. 2 Satz 2 AO auch einheitlich vorgenommen, d.h. sie gilt in gleicher Weise gegenüber allen Beteiligten. Hier wird festgestellt, welchen Gewinn die Gesellschaft erzielt, welcher Einkunftsart dieser zuzuweisen ist und wie er sich auf die einzelnen Gesellschafter verteilt. Im Folgebescheid, der jeweils jedem einzelnen Arzt gegenüber ergeht, wird die sich aus dem anteiligen Gewinn ergebende Steuerschuld festgesetzt. Will sich ein Beteiligter gegen eine im Grundlagenbescheid getroffene Entscheidung zur Wehr setzen, so muss er gem. § 351 Abs. 2 AO eben diesen, nicht etwa den erst später ergehenden Folgebescheid durch Einspruch beim Finanzamt angreifen.

Kann der steuerlich relevante Sachverhalt von den Beteiligten nicht oder nur unter erheblichem Aufwand ermittelt werden, so besteht die Möglichkeit zu einer tatsächlichen Verständigung zwischen Steuerpflichtigem und Finanzamt. Diese Einigung hat grundsätzlich bindende Wirkung für das Finanzamt und soll dadurch langwierige Rechtsstreitigkeiten über Unklarheiten in tatsächlicher Hinsicht vermeiden. Dabei ist nur eine Verständigung über Tatsachen, also Lebenssachverhalte, zulässig, nie aber eine Einigung über abstrakte Rechtsfragen.

Außerdem enthält die Abgabenordnung die Rechtsgrundlagen für die Vollstreckung und Erhebung von Steuern sowie das Steuerstrafrecht.

Die Abgeltungssteuer in eine besondere Erhebungsform der Einkommensteuer für die Einkünfte aus Kapitalvermögen. Im sog. Quellenabzugsverfahren wird die Steuer direkt dort abgeführt, wo Kapitalerträge entstehen, also in der Regel bei Kreditinstituten. Mit dem Abzug eines einheitlichen Steuersatzes von 25 Prozent, der für alle Steuerpflichtigen und damit unabhängig vom persönlichen Steuersatz gilt, ist die Besteuerung der betroffenen Erträge abgegolten, sie müssen in der Einkommensteuererklärung nicht mehr angegeben werden. Dieses Verfahren kommt jedoch nur zur Anwendung, wenn Kapitalerträge im Privatvermögen erwirtschaftet werden. Hält etwa ein niedergelassener Arzt festverzinsliche Wertpapiere in seinem Betriebsvermögen, so unterfallen sie nicht den Regeln der Abgeltungssteuer. Dasselbe gilt für Dividendeneinkünfte einer in privater Rechtsform geführten Klinik aus Beteiligungen an Tochtergesellschaften. Zur Anwendung kommt die Abgeltungssteuer aber, wenn ein Arzt Kapitaleinkünfte aus einer Quelle, die in seinem Privatvermögen gehalten wird, erzielt, beispielsweise in Form von Veräußerungserlösen aus Aktiengeschäften oder Dividendenausschüttungen von Aktienfonds.

Unter Abschreibung versteht man die Absetzungen für Abnutzung (AfA). § 6 Abs. 1 Nr. 1 EStG schreibt vor, dass der Aufwand für die Anschaffung oder Herstellung von abnutzbaren Wirtschaftsgütern des Anlagevermögens nach den Regeln des § 7 EStG über mehrere Jahre zu verteilen ist. Hintergrund ist, dass der Erwerb eines Wirtschaftsguts im Moment der Anschaffung erfolgsneutral ist: Der Geldbetrag, der als Gegenleistung für den Erhalt des Gutes zu zahlen ist, fließt zwar aus dem Unternehmen ab, was gewinnmindernden Aufwand darstellen würde. Gleichzeitig wird das Vermögen jedoch um ebendiesen Wert des Wirtschaftsgutes erweitert, indem es dem Anlagevermögen bilanziell hinzuaktiviert wird (Aktiv-Tausch). Durch den betrieblichen Einsatz des Gutes wird dieses jedoch abgenutzt und verschlissen, es verliert an Wert. Diese Wertminderung ist in Form der AfA auf die einzelnen Nutzungsjahre aufzuteilen; somit verursacht erst die AfA gewinnmindernden Aufwand.

Durch das Jahressteuergesetz 2008 wurde mit Wirkung ab dem 1. Januar 2008 eine Sonderregelung der Abschreibung von geringwertigen Wirtschaftsgütern, die abnutzbar, beweglich und selbstständig nutzungsfähig sind, eingeführt: Liegt der Netto-Anschaffungspreis eines solchen Gutes zwischen 151,00 EUR und 1.000,00 EUR, so ist er in einen sog. Pool von Anschaffungskosten der Wirtschaftsgüter dieser Preisspanne aufzunehmen. Die Summe der Anschaffungskosten dieser Güter wird dann über die Dauer von fünf Jahren gleichmäßig verteilt („Poolabschreibung“). Jedes Jahr ist ein neuer Pool für das jeweils laufende Jahr zu bilden und über fünf Jahre abzuschreiben. Liegt der Anschaffungspreis eines einzelnen Gutes unter 151,00 EUR, so ist er sofort als Aufwand des Jahres der Anschaffung zu berücksichtigen. Bei einem Preis über 1.000,00 EUR werden die Anschaffungskosten nach den geltenden AfA-Tabellen linear über die Nutzungsdauer verteilt.

Mit Wirkung ab dem Veranlagungszeitraum 2010 wurde diese Regelung dahingehend abgeändert, dass der Steuerpflichtige folgendes Wahlrecht hat: Er kann bezüglich geringwertiger Wirtschaftsgüter entweder eine Sofortabschreibung bei Gütern bis zu einem Anschaffungspreis von EUR 410,- wählen (§ 6 Abs. 2 Satz 1 EStG) oder sich für die Poolabschreibung für Güter zwischen einem Preis von EUR 150,- und EUR 1.000,- (§ 6 Abs. 2a EStG) entscheiden, wobei dieses Wahlrecht für alle in einem Wirtschaftsjahr angeschafften geringwertigen Wirtschaftsgüter einheitlich ausgeübt werden muss(§ 6 Abs. 2a Satz 5 EStG) .

Abschreibungen auf das Umlaufvermögen sind in der Regeln nicht vorzunehmen, da es wertbeständig ist. Eine Ausnahme stellen lediglich Teilwertabschreibungen aufgrund voraussichtlich dauernder Wertminderungen gem. § 6 Abs. 1 Nr. 2 EStG dar.

In Deutschland basiert die Altersvorsorge im Wesentlichen auf drei Säulen: Der gesetzlichen Vorsorge in Form der staatlichen Rente, der Beamtenversorgung und der berufsständischen Versorgung der Träger Freier Berufe (Versorgungswerke der Ärzte, Rechtsanwälte, Architekten etc.), der ergänzenden betrieblichen Altersvorsorge sowie der privaten Altersvorsorge in Gestalt des Sparens uns der privaten Vermögensverwaltung (Aktien, Immobilien, Lebensversicherungen etc.). Was die Besteuerung der Versorgungsleistungen anbelangt, so werden mit Wirkung ab dem Jahr 2005 die Einkünfte aus allen drei Säulen der nachgelagerten Besteuerung unterworfen, sofern sie als monatliche Leibrente lebenslang ausbezahlt werden. Dieser Übergang von der früher vorgenommenen Besteuerung lediglich des sog. Ertragsanteils der Rente, also des Zinsertrages der Anlage, hin zur nachgelagerten und schrittweise bis zum Jahr 2040 zu 100 % erfolgenden nachgelagerten Besteuerung erfolgt aufgrund eines Urteils des Bundesverfassungsgerichts, das durch die ungleiche Behandlung von Pensionären, die ihre Pensionen voll versteuern mussten, und der Steuerfreiheit von Renteneinkünften das Gleichheitsgebot des Artikel 3 des Grundgesetzes als verletzt ansah (Urteil v. 6.3.2002, Aktenzeichen 2 BvL 17/99). Grundgedanke der nachgelagerten Besteuerung ist, dass in der Ansparphase die Teile des Einkommens, aus dem die Vorsorgeleistungen bestritten werden, steuerfrei bleiben und die Besteuerung erst in der Auszahlungsphase erfolgt, wenn die daraus resultierende Altersrente an den Steuerpflichtigen ausbezahlt wird. Der Wechsel zur nachgelagerten Besteuerung von Alterseinkünften geht also mit der (früher nicht vorliegenden) Steuerfreistellung von Vorsorgeaufwendungen einher. Dieser Systemwechsel kann sich insofern vorteilhaft auf die zu tragende Steuerlast auswirken, als der anzuwendende durchschnittliche Steuersatz aufgrund des progressiven Steuertarifs im Alter meist niedriger ist als in den Jahren der aktiven Berufsausübung, weil hier die Summe der Einkünfte geringer ist.

Der Anhang ist nach § 264 Abs. 1 Satz 1 HGB Pflichtbestandteil des Jahresabschlusses von Kapitalgesellschaften. Die §§ 284 und 285 HGB legen fest, welche Informationen der Anhang beinhalten muss. So enthält er Ergänzungen zu einzelnen Bilanzpositionen und zur Gewinn- und Verlustrechnung. Im Anhang sind zunächst die zur Bilanzierung und Bewertung angewandten Methoden darzustellen. Außerdem werden im Anhang einzelne Bilanzposten aufgeschlüsselt, die in der Bilanz aus Gründen der Übersichtlichkeit zusammengefasst wurden. Der sog. Anlagespiegel, der Teil des Anhangs ist, dokumentiert die Wertveränderungen des Anlagevermögens, die sich aus den zugrunde gelegten Abschreibungsmethoden ergeben. Die Gewinn- und Verlustrechnung wird danach konkretisiert, durch welche wirtschaftliche Tätigkeit des Unternehmens die Umsätze erzielt wurden. Schließlich gibt der Anhang Auskunft über die Bezüge der Mitglieder der Geschäftsführung und des Aufsichtsrats. Je nach Größe des Unternehmens kann die Informationspflicht jedoch reduziert sein.

Gemäß § 247 Abs. 2 HGB ist das Anlagevermögen im Gegensatz zum Umlaufvermögen dazu bestimmt, dem Geschäftsbetrieb dauernd zu dienen. Es handelt sich also um Wirtschaftsgüter, die dauerhaft im Unternehmen verbleiben, weil sie einen bestimmten Betriebszweck erfüllen, demzufolge zumindest mehrmalig verwendet werden sollen. Anlagevermögen wird gebraucht, Umlaufvermögen verbraucht. Typisches Anlagevermögen sind Grundstücke und Gebäude, Maschinen, Anlagen und Betriebsausstattung sowie immaterielle Vermögensgegenstände wie Patente und Lizenzen.

Es ist zwischen abnutzbarem und nicht abnutzbarem Anlagevermögen zu unterscheiden. Gegenstände, deren Nutzungsdauer zeitlich begrenzt ist, sind abnutzbare Wirtschaftsgüter. Bilanziell werden sie zunächst mit den Anschaffungskosten erfasst. Der angesetzte Wert wird über die Nutzungsdauer durch die vorzunehmenden Abschreibungen planmäßig reduziert. Die einzelnen jährlichen Abschreibungsraten mindern das Aktivvermögen und stellen Aufwand dar, senken also den steuerlich relevanten Gewinn. Nicht abnutzbar sind Wirtschaftsgüter, die ihren Wert dauerhaft behalten, insbesondere Grundstücke. Sie werden ebenfalls mit den Anschaffungskosten in der Bilanz aktiviert und bleiben dauerhaft mit diesem Wert versehen, sodass sich keine Auswirkung auf den Gewinn ergibt. Eine Ausnahme gilt bei einer voraussichtlich dauernden Wertminderung dieser Wirtschaftsgüter; hier ist eine Abschreibung auf den niederen Teilwert, also in etwa den Marktwert, möglich, die Aufwand darstellt und damit den steuerlichen Gewinn reduziert. Dies ist zum Beispiel der Fall, wenn ein Grundstück durch das Ablagern chemischer Abfälle dauerhaft kontaminiert wird und daher seine Nutzungsmöglichkeit eingeschränkt wird.

Auch Finanzanlagen können Anlagevermögen sein. Hält beispielsweise ein börsennotierter Klinikkonzern eine Beteiligung an einer Krankenhaus Tochter-GmbH, die dauerhaft im Konzern verbleiben soll, so handelt es sich bei der Beteiligung um Anlagevermögen. Besteht bei solchen Anteilen keine dauerhafte Besitzabsicht, so handelt es sich hingegen um Umlaufvermögen. Dies kann etwa der Fall sein, wenn Anteile an einer Gesellschaft erworben werden, die später auf die Muttergesellschaft verschmolzen werden soll.

Nach § 255 Abs. 1 HGB sind Anschaffungskosten die Aufwendungen, die geleistet werden, um einen Vermögensgegenstand zu erwerben und ihn in einen betriebsbereiten Zustand zu versetzen. Dazu gehören auch Anschaffungsnebenkosten und nachträgliche Anschaffungskosten. Produziert der Steuerpflichtige ein Wirtschaftsgut selbst, so spricht man von Herstellungskosten, die im Rahmen der Produktion durch den Verbrauch von Gütern oder die Inanspruchnahme von Diensten von Auftragnehmern verursacht sind.

Schafft beispielsweise ein Radiologe einen Kernspintomographen an, so stellt der Kaufpreis die Anschaffungskosten dieses Wirtschaftsgutes dar. Werden durch den Einbau des Geräts Umbauarbeiten in den Praxisräumen des Arztes erforderlich, so handelt es sich bei den Kosten für Handwerker, Baumaterial etc. um Anschaffungsnebenkosten. Soll das Gerät später um bestimmte, neue Funktionen erweitert werden, so stellen die dafür erforderlichen Investitionen nachträgliche Anschaffungskosten dar. Abzugrenzen sind nachträgliche Anschaffungskosten von laufendem Aufwand. Bei Letzterem handelt es sich um Ausgaben für die gebrauchsmäßige Nutzung eines bereits vorhandenen Wirtschaftsgutes, nicht für seine wesentliche Verbesserung oder Erweiterung. Im oben genannten Beispiel wären dies etwa Kosten, die durch Instandhaltungsmaßnahmen des Kernspintomographen verursacht sind oder punktuell auftretender Reparaturaufwand. Von Bedeutung ist diese Abgrenzung, weil nachträgliche Anschaffungskosten in der Bilanz dem vorhandenen Wirtschaftsgut hinzuaktiviert und dann zusammen mit den ursprünglichen Anschaffungskosten über die verbleibende Nutzungsdauer abgeschrieben werden, während laufender Aufwand sofort vollständig abzugsfähig ist.

Die Außenprüfung dient der Kontrolle der Angaben eines Steuerpflichtigen über seine steuerlichen Verhältnisse. Sie findet in den Geschäftsräumen des Steuerpflichtigen statt, kann sich auf Gewerbebetriebe, land- und forstwirtschaftliche Betriebe oder Freiberuflerpraxen beziehen und wird daher auch Betriebsprüfung genannt. Im Rahmen der Prüfung hat der Betroffene erhöhte Mitwirkungspflichten bei der Ermittlung der Besteuerungsgrundlagen. Dies betrifft etwa die Erteilung von Auskünften oder die Vorlage von Aufzeichnungen, Büchern und Geschäftspapieren. Die Frage, wie häufig ein Betrieb geprüft wird, ist abhängig von seiner Größe: Erzielt ein Betrieb jährliche Umsatzerlöse oberhalb einer Grenze von ca. EUR 5 Mio., so ist er als Großbetrieb einzustufen, sodass in der Regel jedes Geschäftsjahr Gegenstand einer späteren Außenprüfung wird. Für Freiberufler wird die Grenze zum Großbetrieb allerdings schon ab einem Jahresumsatz von EUR 3,9 Mio. überschritten (so im Prüfungsturnus 2007). Bei Mittel- und Kleinbetrieben umfasst ein Prüfungszeitraum meist nicht mehr als drei Besteuerungszeiträume, auch wird nicht jedes Jahr im Nachhinein Gegenstand einer Überprüfung. Bei der Außenprüfung von Personengesellschaften wie etwa ärztlichen Gemeinschaftspraxen sind auch die steuerlichen Verhältnisse der Gesellschafter, also der einzelnen Ärzte, insoweit mit umfasst, als diese Verhältnisse für die betroffenen einheitlichen Feststellungen der Gesellschaft von Bedeutung sind.

Durch Aussetzung der Vollziehung können Finanzbehörden die Fälligkeit der Zahlung festgesetzter Steuern zeitlich verzögern. Auf Antrag des Steuerpflichtigen wird die Erhebung der Steuer in der Praxis meist ausgesetzt, wenn dem Finanzamt keine Tatsachen bekannt sind, die befürchten lassen, dass eine erfolgreiche Vollstreckung zu einem späteren Zeitpunkt nicht mehr möglich sein könnte, etwa weil sich die Vermögensverhältnisse des Steuerpflichtigen zu verschlechtern drohen. Die Aussetzung muss gewährt werden, wenn Zweifel an der Rechtmäßigkeit des Steuerbescheids bestehen oder wenn die Vollziehung zum gesetzlich vorgesehenen Zeitpunkt eine unbillige Härte für den Pflichtigen bedeuten würde. Bei Gemeinschaftspraxen, die als Personengesellschaften behandelt werden, gilt die Besonderheit, dass die Aussetzung der Vollziehung des Grundlagenbescheids, der gegenüber der Gesellschaft ergeht und den Gesamtgewinn für alle Beteiligten verbindlich festlegt („gesonderte und einheitliche Feststellung“), gem. § 361 Abs. 3 AO auch die Aussetzung der Vollziehung der Folgebescheide nach sich zieht, also der Einkommensteuerbescheide der einzelnen beteiligten Ärzte.